2009-10赛季是北京国安参加中国足球协会甲级联赛的第11个赛季,北京国安在该赛季获得了联赛第五名,进入亚冠盃的资格。
2010年5月14日,国家体育总局发布消息,决定成立中国足球俱乐部协会,接管中国足球协会足球俱乐部部门相关事务,而中国足协则专注于管理全国性比赛,并开始推动联赛改革。
2010年5月15日,北京国安宣布与法国国家教练组签订为期两年的合同。
在亚冠盃总分榜上,北京国安以8分排名第五名,同样是中国球队中最佳成绩的联赛赛季。其中在外卡圈次因战胜日本吉恩大视取第一名。在小组赛中,因取得2个胜利、2个平局、1个失球,以同群第三名(只落后台北的国安有1分)淘汰出局。
在联赛前三轮中,北京国安获得了3连胜,但之后以5连平收场,这使得他们在9月24日的战队排名中跌至第六名。在此后的一段时间里,他们取得了4连胜,并且获得了2009年中国足球甲级联赛冠军。
这个赛季,北京国安以全员外援的方式组建球队,这使得他们成为中国足协有史以来最国际化的俱乐部之一。这也引起了人们对于外援使用比例的讨论,并在中国足球界造成了一定的争议。